Acompanhar o PID
e matá-lo do shellscript funciona para mim em um sistema live do Ubuntu 16.04.1 LTS com o kernel Xenial e também em um sistema instalado e atualizado com o Ubuntu 16.04 LTS (e o Xenial kernel).
#!/bin/bash
echo "Starting Nautilus"
nautilus --no-desktop ~/Downloads & pid=$!
echo "pid=$pid"
ps -A|grep "$pid"
read -p "Press Enter when you are ready to kill the Nautilus window"
kill "$pid"
sync
echo "Checking that the process is gone"
ps -A|grep "$pid"
Editar:
Funciona, quando morto assim, mas quando fechado com o botão de controle x , o processo ainda está ativo, o que é um problema com o Nautilus.
Mas se você usar o Thunar em vez do Nautilus, o processo será encerrado, quando a janela for fechada com o botão x . Então eu sugiro mudar o navegador de arquivos para esta tarefa,
#!/bin/bash
echo "Starting Thunar"
thunar ~/Downloads
echo "Checking that the process is gone"
ps -A|grep "thunar"