Se você deseja incorporar legendas (em vez de gravar), tente um software GPL gratuito chamado Video Updater Tools.
Ele usa outras ferramentas por trás da cena (como ffmpeg, mkvmerge, mp4box etc), mas muito bem em uma GUI e CLI. Ele funciona em diretórios de forma recursiva, para que você possa automatizar completamente todo o processo. Você pode arrastar e soltar arquivos / pastas na versão da GUI ou usar a CLI para criação de scripts.
Pode incorporar legendas SRT (e capítulos do EDL) em contêineres MP4 / M4V / MKV de arquivos EDL e SRT.
(Também é possível extrair legendas da maioria dos formatos de contêiner, se necessário)
Você pode fazer o download em:
link