Como eu não sei sobre o conceito de janelas abertas dentro do Vim, eu suponho que você esteja se referindo ao posicionamento de outras janelas de aplicativos ao lado de (G) VIM. Eu suspeito que isso acontece quando o tamanho do próprio Vim muda.
Como você sugere uma possível conexão com as divisões da janela do Vim, isso pode ser causado por uma divisão vertical, que na configuração padrão faz com que uma barra de rolagem adicional (no lado esquerdo) apareça, aumentando a largura do aplicativo do Vim janela. Você pode evitar isso via
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