A solução mais simples para o isolamento de cookies é usar diferentes perfis de usuário
para acessar os sites que você deseja isolar, com diferentes atalhos da área de trabalho
por perfil.
Para o Firefox, você já encontrou a extensão Multifox que permite
conexão a sites usando diferentes nomes de usuários simultaneamente, embora manualmente.
Para o Chrome, um mecanismo de isolamento de site melhor é embutido,
atualmente em vários estágios de desenvolvimento ou experimentação.
Veja estes artigos:
Os projetos do Chromium - Isolamento do site
Os projetos do Chromium - sites isolados
30 dias com aplicativos isolados no Chrome
Pessoalmente, nunca experimentei o Site Isolation, mas como todos os sites do Google estão no domínio google.com, tenho algumas dúvidas.
Do artigo isolamento dos cookies dos domínios irmãos :
Sibling domains are subdomains that share a common suffix which is not
a public suffix. Mozilla maintains a list of public suffixes that
is used by Firefox, Chrome and Opera. IE has its own list.
Browsers implement weaker isolation policy for sibling domains than
for completely separate domains: a site can set cookies for its
siblings.
O isolamento de sites do Chrome parece ser sua melhor aposta e meu último link contém um exemplo
de como configurá-lo, mas não sei se isso substituirá domínios de irmãos.