Se você estiver aberto ao PowerShell , terá acesso a todos os System.Messaging classes na estrutura .Net. Acredito que as versões modernas do Windows vêm com o PowerShell como parte do sistema operacional, pelo menos de acordo com Wikipedia :
PowerShell v2.0 was completed and released to manufacturing in August 2009, as an integral part of Windows 7 and Windows Server 2008 R2.
Essa pergunta do StackOverflow , por exemplo, sobre definindo permissões em uma fila, também tem um exemplo de criação de uma fila.
Write-Host "... create a new queue"
$q1 = [System.Messaging.MessageQueue]::Create(".\private$\MyQueue")
Write-Host "... create new queue, set FullControl permissions for RBC\BIZTALK"
$qb = [System.Messaging.MessageQueue]::Create(".\private$\BtsQueue")
$qb.SetPermissions("RBC\BIZTALK",
[System.Messaging.MessageQueueAccessRights]::FullControl,
[System.Messaging.AccessControlEntryType]::Set)
Não sei qual a base que você está usando para criar suas filas, mas se você estiver analisando um arquivo de texto com um nome de fila por linha ou algo semelhante, é muito fácil lê-lo e criar filas com base no arquivo de texto.
Outro link útil pode ser esta questão do SU , que é sobre a exclusão filas do VBScript. Não estou familiarizado o suficiente com o objeto MSMQApplication
que está sendo referenciado, mas presumivelmente se as filas puderem ser excluídas, elas podem ser criadas.