Aparentemente, é mais exigente do que eu pensava, por isso fiquei mais explícito com o filtro de áudio aformat
desta vez. Isso deve funcionar para você, mas eu não testei extensivamente:
ffmpeg -i music.mp3 -i videowithaudio.mp4 -filter_complex \
"[0:a]aformat=sample_fmts=fltp:sample_rates=44100:channel_layouts=stereo,volume=0.5[a1]; \
[1:a]aformat=sample_fmts=fltp:sample_rates=44100:channel_layouts=stereo,volume=0.8[a2]; \
[a1][a2]amerge,pan=stereo:c0<c0+c2:c1<c1+c3[out]" \
-map 1:v -map "[out]" -c:v copy -c:a libfdk_aac -shortest output.mp4
Continuação de: Simplifique o FFmpeg amerge
e volume
customization .