Eu acho que você deve usar várias invocações de gpg em um loop:
{ for i in foo1.txt.gpg foo2.txt.gpg; do gpg -d < $i; done; } | wc -l
As várias invocações de gpg pedem sua senha várias vezes, a menos que você use um agente gpg ou similar:
gpg-agent --daemon sh -c \
'{ for i in foo1.txt.gpg foo2.txt.gpg; do gpg -d < $i; done; } | wc -l'