Eu acho que você usa o Ubuntu 12.04 x64, que agora suporta multi-arquitetura. Em outras palavras, em um sistema de 64 bits, você pode criar apenas a versão Wine-x64. Construir o Wine de 32 bits no Ubuntu 12.04 x64 parece muito problemático por enquanto.
Então, basta executar este comando:
./configure --enable-win64