Também configurarei sua conta do GMAIL como um IMAP (temporariamente) no seu Outlook. Faça uma pesquisa personalizada para o intervalo de tempo do qual você está perdendo emails na conta IMAP. Em seguida, selecione esses e-mails e copie-os (segurando a tecla CTRL ao arrastar) até a sua conta POP. Depois de copiar os e-mails ausentes da sua conta IMAP, remova a conta e continue com seu POP.
Você está correto, se você sinalizá-lo para baixar novamente todos os e-mails, ele criará duplicatas.