Tente selecionar Settings > Main > Appearance > Multiple consoles in one ConEmu window
Atualmente, estou usando a versão estável do ConEmu (120727) e estou tendo um problema com a funcionalidade "ConEmu Here".
Sempre que clico na opção dentro do menu de contexto do Windows Explorer, ele sempre abre uma nova janela em vez de abrir uma nova guia dentro de uma instância ConEmu existente.
A versão Alpha mais recente tem um modo de “Instância Única” que corrige esse problema, mas tenho a sensação de que tal funcionalidade deve funcionar mesmo na versão estável mais antiga, devido ao fato de estar usando um sinalizador cur_console no comando registrado para "ConEmu Here" e há ainda uma opção para assumir uma nova janela cmd e anexá-lo ao ConEmu automaticamente.
Alguém já teve um problema semelhante ou sabe como é ou não deve funcionar?
Tente selecionar Settings > Main > Appearance > Multiple consoles in one ConEmu window
cur_console não é o que você precisa.
Tente /single na linha de comando do item "Aqui".
No entanto, eu sempre recomendo tentar as últimas versões alpha, porque muitos problemas já foram corrigidos e o teste dos novos recursos é necessário.