Esse comportamento é normal para todas as unidades SATA. Após um período configurável de ociosidade, a unidade pode iniciar uma mudança para o modo de espera.
Esta é uma opção que pode ser desativada (por exemplo, com Hdparm-S0) ou definida para qualquer período entre 5 e 20 minutos.
Eu estou supondo que isso veio pré-configurado no seu disco rígido, mas que o sistema operacional acessou a unidade (por exemplo, para gravar arquivos de log) antes do timer ser acionado. Evitando assim que entre no modo de espera.
Quando você moveu o sistema operacional para outra unidade (o SSD), esses acessos não ocorrem mais no HDD e, finalmente, diminui.
Quanto ao saudável ou não: Depende.
Há desgaste enquanto o disco está girando. Desligá-lo reduz isso.
Há muito mais desgaste na unidade durante o lançamento.
Então, se você girar para baixo e para cima a cada 5 minutos, então isso é uma coisa muito ruim. Se a unidade ficar inativa e não for usada por vários dias, talvez seja uma vantagem.
Tanto para o desgaste. Há um segundo aspecto: uso de energia. (Especialmente em um laptop). O que significa que as melhores configurações se resumem ao seu padrão de uso e seus desejos.