O que eu acho estranho é que o uso da CPU é realmente mínimo. Que em mente, o que eu acho ainda mais estranho é que sua espera de disco (% wa) é 0.0 quando você tem uma quantidade significativa de uso de espaço de troca.
Supondo que o uso do seu espaço de troca esteja causando a lentidão (talvez não tenha havido espera de IO no momento específico em que você tirou aquele top
instantâneo), já que você tem bastante memória livre tente limpar seu swap:
swapoff -a
swapon -a
Aguarde alguns minutos para que as médias de carga sejam recalculadas e reavaliadas.