Você precisa priorizar o foco da janela.
Se aparecer na barra de tarefas, basta clicar em seu nome. Aqui você pode invocar o menu de contexto clicando com o botão direito e selecionando o item Mover. NÃO toque no mouse neste momento. Use uma das teclas do cursor no teclado. Depois de fazer isso, então você pode usar o mouse IIRC.
Se não estiver na barra de tarefas, tente Alt + Tab até que nada que você veja esteja em foco. O atalho para mover normalmente é Alt + F7 e usar uma das teclas de seta para mover sua janela. Se Alt + F7 não funcionar, então use Alt + Espaço para ver seu menu de contexto e selecione mover ou clique em M .
EDITAR:
Para completar, um truque que funciona (testado com o Windows 7) é alterar a resolução da área de trabalho. O Windows reorganiza as janelas para ficarem visíveis.