Estou executando o Kubuntu 17.10 e tive um problema semelhante (no meu caso, ele abriu git-cola ). Graças à resposta de richq, descobri o problema, mas a solução é diferente o suficiente para justificar uma resposta separada:
Abra File Associations (se a pesquisa de plasma não encontrar: System Settings under Applications ).
Expanda inode e encontre directory - digite-o na pesquisa no canto superior esquerdo para filtrar o restante:

EmApplicationPreferenceOrder,selecioneoaplicativoquevocêdesejausar.
Seaindanãoestivernotopo,mova-oparacima,cliqueemApplyevejaseissocorrigeascoisas.
Casocontrário,cliqueemEdit...eabraaguiadoaplicativo.
OcampoCommand(quartodotopo)provavelmentenãoestáapontandoparaoprogramareal,entãocorrijaisso.Certifique-sedemantero%Unofinal!
Porexemplo,paraoDolphin,provavelmentedeveserassim:
Se você não souber onde o aplicativo desejado está armazenado, abra um terminal e execute whereis <application> (provavelmente em /usr/bin/ ).
Enfim, isso resolveu para mim, espero que isso funcione para os outros também.