Para adicionar entradas à parte Todos os Programas, simplesmente inclua um atalho sob a pasta% AllUserProfile% \ Microsoft \ Menu Iniciar \ Programas.
Você pode usar o objeto SpecialFolder no VBScript.
Não sei como fazer isso no Powershell, mas é isso em Javascript:
var shell = WScript.CreateObject("WScript.Shell");
var allUserProfilePath = shell.SpecialFolders("CommonPrograms");
var myShortcut = shell.CreateShortcut(allUserProfilePath + "\myShortcut.lnk");
myShortcut.TargetPath = "c:\My Programs Path";
myShortcut.WorkingDirectory = "c:\Blah";
myShortcut.WindowStyle = 4;
myShortcut.Save();
A tradução para o VB é direta
Dim shell
Set shell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
Dim allUserProfilePath
Set allUserProfilePath = shell.SpecialFolders("CommonPrograms")
Dim myShortcut
Set myShortcut = shell.CreateShortcut(allUserProfilePath + "\myShortcut.lnk")
myShortcut.TargetPath = "c:\My Programs Path"
myShortcut.WorkingDirectory = "c:\Blah"
myShortcut.WindowStyle = 4
myShortcut.Save()