Eu acabei de me deparar com isso na semana passada, eles chegavam a 99% e depois "falhavam", ou simplesmente ficavam sentados para sempre. Como Daniel Hicks sugere, foi o anti-vírus.
Descobri que, se eu fosse e renomeia os arquivos .partial que o Internet Explorer cria, os arquivos realmente funcionavam bem.
Desativou o antivírus e os arquivos começaram a ser baixados corretamente. Substituiu-o por um produto antivírus diferente (mais novo) e eles estão bem desde então.
Então, talvez tente desativar ou desinstalar temporariamente seu pacote antivírus atual.