É uma pergunta tão óbvia, mas você já tentou desfragmentar ? Eu odeio soar como um disco quebrado, mas não notei nenhuma menção a qualquer "higiene digital" típica sendo aplicada. Defragging pode parecer um desperdício de tempo, mas com a maneira como o Windows funciona, é quase fatal ignorá-lo. (O OSX e quase todos os xNix usam diferentes sistemas de arquivos e geralmente não precisam ser "desfragmentados", já que não estão usando normalmente FAT / NTFS.) A falta de desfragmentação é quase sempre a número um culpado se tudo o que estamos falando é uma diminuição no desempenho.
Próxima pergunta, supondo que você tem executar uma desfragmentação abrangente, pode ser se você tentou ajustar seu arquivo de swap para um tamanho estático máximo, colocou-o na partição mais rápida, enfraqueceu o arquivo de troca (talvez mesmo colocado a troca no final da unidade), e / ou tentou ativar super buscar e / ou pronto impulso com algo como um pen drive rápido? Eu também sugiro ser muito seletivo sobre o que está sendo indexado e possivelmente até mesmo desabilitando a indexação de arquivos para quaisquer outras partições que não sejam de inicialização - supondo que você não execute programas ou precise de acesso freqüente para alterar os dados nessas unidades que não são de inicialização.
Ter apenas mais de um disco rígido (ou dois no RAID ou algo assim) não faz muito sentido, a menos que você precise de acesso constante a um segundo / terceiro disco rígido por algum motivo. Um servidor de arquivos seria um bom exemplo onde o armazenamento de unidade adicional pode ser necessário / desejado. Mas, na verdade, quase nunca é necessário, mesmo que você inicialize duas vezes ou acesse essas unidades em uma rede doméstica. Na verdade, eu consideraria seriamente extrair essas unidades extras e conectá-las a uma porta USB (usando um gabinete de unidade externa, obviamente). Dessa forma, você pode desligar as unidades quando elas não forem necessárias e, assim, prolongar sua vida útil. (E se você precisar de acesso rápido, ainda há eSATA ou até mesmo USB3 para fornecer uma velocidade melhor do que uma porta USB antiga comum).
Mais detalhado pode ser se você tiver ou não habilitado o RAID / EHCI (nas configurações do seu BIOS). Se você tiver ativado o EHCI, por exemplo, mas depois desativado mais tarde, você poderá ver alguma degradação do desempenho com o tempo - você praticamente de qualquer maneira já que é do Windows que estamos falando. É quase impossível ativar EHCI após o Windows ter sido instalado sem realizar um pequeno ajuste de registro. E como o Windows 7 é o único sistema operacional da Microsoft que irá se beneficiar do ECHI durante a instalação, você quase certamente precisará ajustar o registro do Windows para aproveitar as funções EHCI (novamente, assumindo que o EHCI foi habilitado no BIOS de alguma forma).
Uma outra coisa. Essas "unidades verdes" são notórias por não serem muito rápidas para começar - individualmente, isto é. Emparelhe qualquer unidade com o RAID e você pode quase sempre sair do desempenho com até mesmo um Raptor rápido. Portanto, comparar duas unidades lentas no RAID ou mesmo com o ECHI ativado não é exatamente justo ao comparar com qualquer outra unidade individual.
Por último, devo presumir que não estamos falando de um dispositivo SSD aqui, já que um SSD causaria um monte de outros problemas. Mas se você já usou um SSD, então há um monte de outras considerações a serem levadas em conta. Não menos importante seria lidar com a ativação / desativação do TRIM.
... Apenas alguns pensamentos. (Não há necessidade de enviar e-mail.)