Eu não estou familiarizado com essa placa exata, mas normalmente a maioria das placas-mãe de servidor de soquete duplo de baixo nível que eu usei (Tyan e Supermicro) emitirá apenas um sinal sonoro constante se houver uma condição de superaquecimento em algum lugar .
Desde que você afirma que o controle climático é muito bom, isso me faz pensar que provavelmente o dissipador de calor de uma CPU tenha sido desalojado ou esteja comprometido no desempenho; Eu checaria lá primeiro (depois de verificar os tempos do sistema com um utilitário no sistema operacional, se você conseguir ir tão longe).
(Também é possível que isso seja errado e, digamos, um sensor de temperatura tenha funcionado incorretamente.)