Esse tipo de coisa geralmente acontece quando você conecta o disco flash a PCs antigos (Pentium IV ou inferior) ou no leitor de cartão interno do PC com porta USB. Aparentemente, alguns controladores USB antigos (aqueles que foram fabricados antes do armazenamento em flash de 4 GB foram desenvolvidos) simplesmente não suportam unidades USB maiores que 2GB. Como resultado, os arquivos são corrompidos.
Se você ainda puder abrir essas pastas e arquivos, sugiro copiar esses arquivos para outra unidade imediatamente. Antes de tentar corrigi-lo, copie os arquivos para outra unidade como backup.Para corrigir, basta executar o CHKDSK no seu pen drive.
Se você não puder recuperar seus dados através do CHKDSK, sugiro usar um software de recuperação.
Acabei de encontrar este excelente software de recuperação TestDisk.
É chamado TestDisk e é um poderoso software de recuperação. Ele pode corrigir tabelas de partição, FAT, FAT32, setores de inicialização NTFS, recuperar arquivos excluídos, copiar arquivos excluídos e muito mais. Eu sugiro que você vá ao site, baixe, instale e experimente você mesmo. É fácil de usar para especialistas e novatos.
Outra ferramenta poderosa que você pode usar é GetDataBack for NTFS and Fat.
Espero que ajude.