Consegui consertar isso sem precisar limpar tudo. Parece que o problema é que o banco de dados de esquema sys nunca foi criado, então aqui está a solução:
- Clone link e
cd
na pasta clonada. - Em um terminal, execute
mysql -u root -p < ./sys_57.sql
(ousys_56.sql
, dependendo da sua versão) - Aproveite o mysql_upgrade trabalhando novamente.
Eu acho que isso provavelmente foi, como disse @skerit, um upgrade de scripts.