Ele é lido automaticamente por alguns DMs, mas no seu caso, você pode adicionar o seguinte comando ao seu ~/.initrc para que seja executado no início de cada sessão:
[[ -f ~/.Xresources ]] && xrdb -merge ~/.Xresources
A primeira parte garante que você não receberá um erro se decidir excluir .Xresources no futuro, e a opção -merge permitirá que você adicione suas propriedades personalizadas àquelas que podem ter sido definidas anteriormente. em vez de substituir todo o conjunto.
Se isso ainda não funcionar, tente criar um arquivo ~/.xprofile que contenha a seguinte linha: USRRESOURCES=$HOME/.Xresources