Eu tenho executado o serviço ntp em uma instância do VMware Workstation 9.0 por um tempo e não tive nenhum problema.
Acabei de pará-lo agora e fiz uma sincronização dele e obtive um deslocamento de -0,003862 seg. (O sistema operacional convidado é o Ubuntu 12.04.1 Server x86_64 e possui o VMware Tools)
Pessoalmente, acho que, se algo lhe der dor, serão os produtos da SCO.