Que tipo de fonte de alimentação você tem neste computador (potência)? E quanto de energia o seu instrumento de DAQ precisa executar? Verifique as especificações ... certos dispositivos consomem mais energia do que uma porta usb padrão.
Ou pode ser apenas uma fonte de alimentação ruim. Acabei de substituir um PS na semana passada em um computador que estava perdendo conexões usb de forma intermitente. Testei o ps e descobri que ele estava falhando ( Antec Power Tester )