Em quase todos os casos, será mais rápido copiar sequencialmente (um de cada vez). A razão é que, se você iniciar simultaneamente, os cabeçotes da unidade de disco estarão constantemente mudando da posição do arquivo que está sendo lido para a posição do arquivo que está sendo gravado, e esse movimento da cabeça é relativamente lento (cerca de 10-20ms). / p>
Se você copiar sequencialmente, uma unidade estará lendo principalmente grandes blocos de dados sequenciais (cerca de 25-50 Mb / seg), e o outro estará escrevendo principalmente.
A propósito, verifique se você tem espaço suficiente nos dois dispositivos.