Is there any hex editor in windows that can open lnk file and allow me to edit it?
Não vejo por que isso deve ser um problema para qualquer editor hexadecimal. Ele pode editar a fonte se você criar um symlink ou algo assim, mas, a menos que o editor tenha especificamente um recurso para resolver os atalhos de forma transparente e editar o código-fonte, ele deve funcionar muito bem para editar o próprio .LNK. Acabei de tentar editar os atalhos para arquivos e diretórios usando HxD e não tive problemas. Claro, se você está procurando por um editor hexadecimal que realmente analisa o arquivo e permite modificá-lo, você pode estar sem sorte.
Existem também programas de linha de comando que você pode usar para criar e modificar vários aspectos dos atalhos, como também scripts do Visual Basic .
No entanto, tudo isso é inútil porque o Windows não suporta atalhos relativos em primeiro lugar, como pode ser visto em este post de Raymond Chen (não deixe de ler também os comentários associados).