Talvez algo deu errado quando você tentou testar e ajustar coisas no ambiente de desktop do Ubuntu Unity - e eu sei que você está fazendo isso extensivamente e com muita frequência - assim remova o indicador completamente (incluindo os arquivos de configuração) e reinicie o sistema :
sudo apt purge indicator-messages | sudo reboot
Reinstale-o (o motivo da reinicialização é que indicator-messages é um "serviço de início automático"):
sudo apt install indicator-messages | sudo reboot
Agora tudo deve funcionar como esperado novamente (se nada for quebrado em "testes").
Verifique também se gsettings get com.canonical.indicator.messages applications
retorna entradas corretas do aplicativo, como a configuração padrão ['thunderbird.desktop'] .