A resposta para este problema foi restaurador final, além de alguns arquivos grandes (2GB +), logs e problemas com alguns hardlinks (tratados como duplicatas) isso corrigiu isso.
Além disso, quanto mais eu olhava do log, mais parecia que a MFT não era o problema, não a raiz da MFT, pelo menos. Algumas coisas que foram duplicadas e não binariamente iguais parecem que a unidade falhou na cópia de sombra, e talvez houvesse alguns loops ou outras estruturas realmente ruins na parte mais profunda da MFT. Olhando através de logs, parece que todas as implementações falharam fatalmente, ou seja, segfaulting. Um log interessante do MacOS X:
Interval Since Last Panic Report: 472 sec
Panics Since Last Report: 2
Anonymous UUID: D89B5624-FF95-48B5-8F55-0987EA2D2466
Sun Jun 26 18:02:46 2011
panic(cpu 0 caller 0x6e085e4a): "ntfs_map_runlist_nolock(): Called for $MFT/$DATA!\n"@/SourceCache/ntfs/ntfs-65.5/kext/ntfs_attr.c:245
Backtrace (CPU 0), Frame : Return Address (4 potential args on stack)
...
Kernel Extensions in backtrace (with dependencies):
com.apple.filesystems.ntfs(3.4)@0x6e05a000->0x6e0b9fff
BSD process name corresponding to current thread: mount_ntfs
E então morreu.
Então, parece que eu tive um problema muito pouco frequente causado por preguiça. Para referência futura: a melhor correção é fazer o que você deve, ou seja, desmontar a unidade. Talvez também desabilitar a cópia de sombra em uma unidade externa.
Enfim, restaurador consertou, e sobre o fracasso parece janelas de alguma forma contibuído deixando uma partição em um estado que um sistema de diário não deve estar dentro Talvez montando-o no linux também contribuiu, através eu não acho provável , o ntfs3g não conserta coisas sem perguntar, geralmente não é capaz de fazer isso ou chora a atenção do usuário no syslog para isso.