O arquivo "popstate.dat" é o que controla quais e-mails já foram baixados do servidor POP.
Um exemplo no meu PC com Windows XP Home é:
C: \ Documents and Settings \ Alan \ Dados da aplicação \ Thunderbird \ Profiles \ qn5qd3de.default \ Mail \ pop.att.yahoo.com \ popstate.dat
# POP3 State File
# This is a generated file! Do not edit.
*pop.att.yahoo.com AWehmann
k AHfVimIAAFFZTwJOOAAQHz0XYU8 1325822549
k ALnPjkQAARslTk0SJwOBFFSXUwk 1313674828
k ALbPjkQAADijSiRISQK9whTL178 1243891806
k AK/VimIAAXI5TwSSMQM8WDKNut0 1325822555
k ALDVimIAASYOTuZNwgVwMgSXZN4 1323792415
k AN7VimIAAM1uT0ZHUA1JGhbBzms 1330020393
b AODVimIAAQzKTuDXaAISoH6BC8M 1323402949
Existem mais entradas, mas não mostro todas elas.
No caso do Gmail, as coisas são um pouco diferentes. Com as configurações padrão, o servidor POP do Gmail só oferece e-mails recém-chegados. Se não houver nenhum, o arquivo popstate.dat será esvaziado, pois o servidor informa que não há e-mails disponíveis para download no servidor.