Eu tenho executado o Windows 8 a partir de um VHD desde o primeiro dia e não tive problemas.
A única coisa que a instalação do VHD parece ser incapaz é que você não pode utilizar a inicialização híbrida ...
Quanto ao seu problema, não sinto isso. Por favor note que eu estou usando um SSD ...
Algumas sugestões:
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Certifique-se de instalar todos seus drivers no Windows 8 DP! Use o modo de compatibilidade onde for necessário ...
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Parece que você tem muitos discos conectados ao seu sistema, por favor, note que um cabo / controlador ou disco rígido quebrado pode fazer com que outras E / S estejam em 100%. Tente desconectar tudo que não é necessário para inicializar seu sistema e tente novamente para ver se ele melhora o comportamento ...
Ou, você pode querer reiniciar em seu sistema operacional anterior e compará-lo com o Windows 8 Developer Preview.