Quanto maior o número de novos arquivos que estão sendo gravados simultaneamente, maior a quantidade de fragmentação que provavelmente resultará (além de mais necessidade desnecessária de busca durante a operação, é claro).
No entanto, isso normalmente não é algo com o que se preocupar, a menos que você esteja movendo Gigabytes de dados - caso em que poderá ser mais rápido para executar as operações consecutivamente e resultar em menos fragmentação.