Para um defagger funcionar, ele precisa ter um conhecimento razoavelmente detalhado do sistema de arquivos, já que você não pode fragmentar um arquivo usando APIs independentes do sistema de arquivos de maneira confiável.
Por exemplo, um defragger para NTFS normalmente utilizará o ID de registro MFT exclusivo / canônico em vez do caminho arbitrário e, como tal, não considerará nem mesmo o link simbólico como "arquivo".
Além disso, os pontos de nova análise, as junções e o link simbólico (variante) são incluídos no NTFS no Windows NT 4 (para suporte ao diretório ativo), portanto a maioria dos softwares de desfragmentação deve estar ciente deles agora.