Há uma ótima resposta para essa pergunta em ServerFault : link
Estou configurando o Ubuntu 10.10 no desktop do meu pai e tenho duas contas de usuário, dele e meu (para fins de administração remota). Como posso ocultar (mas não excluir) meu usuário da lista de login?
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Tradicionalmente, os usuários com UIDs inferiores a 1000 não serão listados, pois são contados mais como contas do sistema. Você ainda pode fazer login, você não será listado.
sudo usermod -u 999 your-username
É possível que isso quebre o gnome para esse usuário, mas se você for apenas remoto, não vai doer. Para corrigir isso,
sudo chown -R your-username:your-username /home/your-username
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