RDNSS
A definição recém-atualizada (março de 2017) do RDNSS, RFC 8106, diz na seção 5.1 :
Note: The addresses for RDNSSes in the RDNSS option MAY be link-local addresses. Such link-local addresses SHOULD be registered in the Resolver Repository along with the corresponding link zone indices of the links that receive the RDNSS option(s) for them. The link-local addresses MAY be represented in the Resolver Repository with their link zone indices in the textual format for scoped addresses as described in [RFC4007]. When a resolver sends a DNS query message to an RDNSS identified by a link-local address, it MUST use the corresponding link.
Presumivelmente, isso foi adicionado para indicar que o uso de servidores DNS com link local deve ser aceitável e, como você diz, o host precisa garantir que ele mantenha seus identificadores de interface diretamente nesse caso.
Como com qualquer coisa relacionada a novos padrões IPv6, o suporte em seu sistema operacional favorito para poder realmente usar o que está sendo anunciado irá variar, mas esperamos que eventualmente os fornecedores assinem e implementem. É relatado em Wikipédia que "a Atualização de Criadores do Windows 10 apresenta suporte para o RDNSS RFC 8106", embora não haja nenhuma citação para isso Escrevi isso, não o verifiquei de forma independente e não sei se o suporte dele inclui esse recurso.
DHCPv6
Não encontrei nenhuma atualização semelhante que esclarecesse a situação dos servidores DNS especificados nas opções do DHCPv6. Basta dizer que não esperaria que funcionasse de forma consistente em vários sistemas.
Soluções alternativas
Até que haja um método padrão (especificado ou de fato) para especificar servidores DNS de link local para clientes de rede, em qualquer cenário não-laboratorial, provavelmente é melhor usar endereços globais reais ou pelo menos Unique Local Addresses , pois esses são os recursos esperados pela maioria dos softwares.