É possível (pelo menos para mim) executar o Linux em um disco rígido portátil e ter um sistema operacional 'portátil'. No momento, estou executando o Fedora 15 em um disco rígido portátil Maxtor de 100 GB e inicializei com êxito o sistema operacional em quatro PCs diferentes (observe que mencionei PCs - não consegui inicializá-lo em um MacBook. Acho que ele precisa fazer com o gerenciador de inicialização. No geral, parece um pouco irritante com uma conexão USB 2.0.
Se a unidade for compatível com USB 3.0 e você tiver uma porta USB 3.0, tenho certeza de que você verá altas taxas de transferência. No entanto, não estou familiarizado com a tecnologia Thunderbolt e não a usei antes, por isso não posso comentá-la.
Se você tiver tempo, por que não experimentar? Tudo o que você precisa é de um disco rígido portátil e um CD ao vivo de sua distribuição favorita. :)