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O NTFS suporta armazenamento de instância única . No entanto, isso só está disponível nas versões do Windows do servidor.
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Você pode configurar um servidor Linux com lessfs ou opendedup e acessá-lo no Windows File Sharing.
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"Muitas ramificações" não devem ser um problema com os VCSs modernos, como o Git.
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Ou compre um HD maior.