Aparentemente, os ícones escalonáveis são usados nas barras de menus do Ubuntu 15.04. O conjunto de ícones do FS especifica um valor mínimo para os ícones escalonáveis como 257 pixels. A solução é definir o valor mínimo adequadamente, para que os ícones possam ser reduzidos ao tamanho necessário.
sudo sed -i "s|MinSize=|MinSize=8\n#MinSize=|g" /usr/share/icons/fs-icons-ubuntu*/index.theme
No comando acima, altere /usr/share/icons
para o local onde você instalou seu conjunto de ícones FS.
Além disso, para corrigir os tamanhos dos ícones no Gedit, siga as etapas descritas na pergunta a seguir, pois a correção ainda se aplica ao Ubuntu 15.04.
Como usar 22 ícones de tamanho de pixel para barras de ferramentas no Ubuntu 14.04
Note que fs-icons-ubuntu-mono-dark foram usados nessas capturas de tela, mas essa solução consertará todos os ícones incluídos no conjunto de Ícones FS.
Aqui está o que o Nautilus parece depois de aplicar a correção.
Aqui está o aspecto do Gedit depois de aplicar a correção.