Fazer apt-get update / upgrade
é considerado muito seguro, porque você só receberá correções de bugs & correções de segurança.
Atualizar para uma nova versão do Ubuntu (como a 10.10 a 11.04), porém, pode ser arriscado. Mas você deveria estar bem.
E só para você saber: caso haja um problema, você sempre poderá instalar as versões anteriores de todos os pacotes.