Pessoalmente, acredito que não.
AVs percorreram um longo caminho, assim como a erosão da monocultura do IE para diminuir a ameaça de malware - com um sistema adequadamente protegido, os vírus são incomuns - basta manter o patch do seu sistema operacional e software AV e você deve estar ok. Se as coisas correrem mal, é para isso que servem os backups - não apenas salvando você de uma falha total do disco
Além da segurança de dados, uma das "vantagens" de particionar um disco rígido é que os arquivos do sistema estão na parte externa "mais rápida" da unidade.
Embora separar os arquivos e dados do sistema seja / era comum com os antigos baseados em * nix, sua geralmente não é considerada a melhor prática nas janelas (por mais que as distribuições de linux modernas pareçam não recomendá-las)
Portanto, não, dividir um SSD para segurança de dados não faz sentido - faz mais sentido fazer backup de seus arquivos de usuário regularmente - enquanto partições separadas podem protegê-lo de falhas de software, backups protegem você de falhas de hardware e software .
Existe uma discussão sobre fóruns OCZ falando sobre o assunto que praticamente passa pela mesma coisa de ambas as perspectivas (e eu aprendi que aparentemente não são físicas em SSDs).