Crie uma conta de usuário dedicada no servidor apenas para usar para essa finalidade. Configure /etc/sudoers
no servidor para que os únicos comandos que a conta de usuário dedicada possa executar sejam os desejados. Além disso, configure /etc/sudoers
no servidor para que a conta de usuário dedicada não exija uma senha para usar o sudo. Então ssh para o servidor como usuário dedicado e execute sudo para executar os comandos desejados como root.