O MaoPU ajudou tremendamente para mim. A principal mudança no pensamento que eu precisava era ver a impressora do OneNote exatamente como essa - uma impressora que pode ter configurações modificadas.
O PDF que eu tinha era um PPT que mostrava no Acrobat Reader no modo paisagem, mas era impresso no OneNote como retrato quando eu arrastava e soltava o documento no OneNote.
Em vez de arrastar e soltar o arquivo no OneNote, imprimi a impressora do OneNote (Arquivo - > Imprimir) no Acrobat Reader e desmarquei a opção de girar e centralizar automaticamente OU selecione Paisagem nas propriedades da impressora para criar o documento aparecer no OneNote como você deseja.