De modo geral, ter arquivos fragmentados torna as operações de leitura nesses arquivos mais lentas, já que o disco rígido deve "pular" para obter todas as partes.
Não há nada que você possa fazer para torná-lo mais rápido, a não ser aumentar o espaço livre na unidade (somente eficaz se você tiver menos de 15% de liberdade) ou usar um programa diferente.
Para responder à segunda parte da sua pergunta, acesse% Control Panel\Hardware and Sound\Power Options\Edit Plan Settings
e escolha quanto tempo você deseja esperar até que a tela seja desativada.