O Windows permite que qualquer programa NÃO se inclua na barra de tarefas e, portanto, não se inclua na lista de guias Alt.
E não há nenhuma API pública para alterar o Task Switcher (Deus nos ajude se programas de terceiros tiverem permissão para isso!).
Então, basicamente, o problema se resume a: " Programa A não aparece no Task Switcher. Como faço para Programa A aparecer no Task Switcher? "