Bem, as principais diferenças são marketing *.
Basicamente, o microcontrolador pode fazer tudo que um único chip pode fazer, mas os microcontroladores costumam ter um desempenho menor do que o dos computadores de chip. É normal que os SoCs tenham sistemas operacionais complicados, como o VxWorks, o GNU / Linux ou até mesmo o Windows. Por outro lado, os microcontroladores geralmente executam sistemas operacionais muito simples e não é incomum que eles apenas executem um único programa, sem sistema operacional. Então, basicamente, sim, eles são o mesmo conceito, mas os SoCs são muito mais caros e têm maior capacidade que os microcontroladores. Para simplificar, os microcontroladores são geralmente tão capazes quanto os computadores domésticos de 20 a 25 anos, enquanto os SoC são tão capazes quanto os desktops de 10 a 15 anos.Os sistemas incorporados são computadores instalados em um dispositivo e destinam-se apenas a executar o dispositivo. Eles podem ou não ser baseados em microcontroladores ou baseados em SoC. Alguns sistemas embarcados até usam componentes padrão do PC em um gabinete (às vezes) especial. Então, o ponto principal é que eles são considerados parte de um dispositivo mais complicado, como um osciloscópio, scanners de tomografia computadorizada de raio-x, scanners de ressonância magnética e assim por diante.
* Por que marketing? Microcontroladores bem poderosos podem ser tão poderosos quanto SoCs de baixo desempenho e basicamente qualquer coisa pode ser chamada de sistema embarcado, desde que seja parte do dispositivo. Se você comprar uma mesa e um computador, pode dizer que o computador é o sistema embarcado da mesa.