A maneira mais fácil é executar a instalação do windows xp e formatar a partição que você deseja formatar.
para formatar uma partição com segurança, LABEL suas partições se mais de uma, para que você saiba qual é qual. E você pode remover qualquer disco rígido com partições que você não queira formatar.
Você pode formatar a partir do Windows XP Setup CD. (importante ter um mesmo assim se você tiver o windows xp instalado!)
De uma maneira menos fácil, seria tornar as outras janelas ativas, o C e o D serão o contrário. Você vai querer formatar D. E você pode fazer isso inicializando C e iniciando janelas a partir de C.
Aqui estão algumas terminologias que podem ser do seu interesse link diferença entre o volume do sistema e o volume de inicialização (embora a terminologia pareça um pouco contra-intuitiva para mim, e eu realmente não a uso, o volume do sistema inicia primeiro, depois o volume de inicialização ... e com essa termonologia eu acho que parece 3 volumes ... um volume e inicialização do sistema volume, (C) e um volume de inicialização D)
eu vou usar a palavra start ao invés de boot, para evitar confusão com a terminologia do MS .. a partição ativa com boot.ini que inicia primeiro e é C. As outras partições que vêem com janelas nelas são cartas posteriores. Faça qualquer uma dessas outras partições como a Active (dê a elas o boot.ini e outros poucos arquivos ..), e essa partição será então C.