Eu usei rdiff-backup
por anos e é estável e você pode confiar nele. Faz backups incrementais do que você der para ele. Então, eu resolveria seu problema com um script bash fazendo o seguinte:
- mysqldump seu banco de dados
- arquive seu banco de dados
- rdiff-backup para o local remoto.
O Rdiff-backup armazena apenas quando os arquivos e todos os backups futuros são adicionados incrementalmente e você pode reverter para qualquer backup.
Outros podem sugerir "rsnapshot", que é um pouco mais rápido, mas não mantém delta para arquivos, apenas para pastas.