O TrueCrypt suporta a adição de um único "volume oculto" a um contêiner ou partição criptografada. Pode incluir também um sistema operacional oculto. (Os dados secretos devem estar localizados no volume oculto).
Se o seu sistema usa o LUKS, você pode modificar o initramfs para desbloquear várias partições, mas isso é menos seguro, já que qualquer um pode extrair o script de desbloqueio.