Não sei nada sobre o Windows, mas no Linux:
No meu xorg.conf, as opções Xkb estão na seção "InputDevice" e, portanto, vinculadas a um determinado teclado. Então, acho que não deve haver nenhum problema em conectar dois teclados e fazer com que eles usem layouts diferentes.
Você só precisa de uma maneira de identificá-los. Se eles são um número de modelo diferente ou se conectam por meio de uma porta diferente (por exemplo, PS / 2 vs USB), isso pode ser mais fácil. Na pior das hipóteses, você tem 2 teclados USB de modelo idêntico, então você pode precisar escrever uma nova regra do udev para que você possa distingui-los em seu xorg.conf.