Parece provável que algum aplicativo esteja tentando gravar arquivos em seu diretório pessoal, mas o programador tem sido preguiçoso e usou a abreviação '~' no código, o que não funcionará, em vez de /Users/<shortname>
.
O segmento Misterioso Tilde (~) Folder mostra como excluí-lo, mas volta mais tarde em.
O segmento Mysterious Tilde Folder
Se esse é realmente o caso, então isso é simplesmente um bug no software da Apple, e não há como se livrar dele permanentemente.