Você pode obter informações sobre o Eclipse, clicar no ícone, copiá-lo, obter informações sobre seu script, clicar no ícone e colar.
Quanto ao seu console de abertura de scripts, parece que você tem um shell script salvo como um arquivo de comando. Você pode usar o AppleScript para chamar um script de shell e depois salvar esse AppleScript como um aplicativo que pode ser colocado no dock.
Usando o comando do pkaeding, todo o seu applescript seria:
do shell script "open -n /Applications/eclipse/Eclipse.app"
Você também pode simplesmente abrir um arquivo de script de shell (.sh) do Applescript que terá o mesmo efeito. Mais aqui .