Basta usar o MPlayer:
$ mplayer -dumpaudio input.flv
Este comando faz o dump de toda a faixa de áudio no formato original em um arquivo chamado "stream.dump". Assim, a faixa de áudio do arquivo é descartada sem perdas.
Como alternativa, tente o FFmpeg:
$ ffmpeg -i input.flv -f mp3 -vn -acodec copy output.mp3